循環水系統長時間運行，在設備表面會附著一些污垢，這些污垢不僅影響設備的換熱效率，增加能耗，還會對設備造成垢下腐蝕，因此對循環水系統的清洗，是關系到循環冷卻水水處理的效果的一個重要環節。
一般來說，清洗可以分為三大類：物理清洗、化學清洗和物理化學綜合清洗。
循環水系統中常見的水垢物理清洗有以下幾種：
1、高壓水射流清洗，即利用小口徑噴嘴以高壓水連續噴射，靠高壓水的沖擊力去除冷卻水系統中的污垢。
2、旋轉機械清洗，即在器械頭部安裝各種類型的轉頭、刀具或鋼絲刷，通過旋轉來去除換熱器管道內壁的焦垢和硬垢。
3、吸引清洗，即用真空泵將生物粘泥垢直接吸引出，然后移除。
4、膠球清洗，主要用于發電廠凝汽器的清洗，借助循環水的壓力使大于管徑的彈性膠球進入凝汽器管內，膠球的擠擦作用可以將附著在管壁的污物去除。
循環水系統中常見的水垢化學清洗有以下幾種：
1、酸洗，這種清洗方式是最常見的清洗方式，主要利用無機鹽垢和銹垢與酸反應，發生化學溶解反應，使固體污垢轉化為液體排除系統。
2、堿洗，主要用于油脂類污垢和硅垢。
3、表面活性劑清洗，主要利用表面活性劑的乳化和分散作用來去除系統中的輕質油脂類污垢。
4、絡合清洗劑，利用其絡合作用去除系統表面附著的氧化物及碳酸鹽水垢，腐蝕性微生物。
5、殺生清洗劑，主要是用來剝離去除生物黏泥。
循環水系統中的物理化學綜合清洗就是利用兩種及兩種以上可以互相反應產生氣體的化學藥劑先后投入水中，產生的氣體會干擾循環水的正常流動，使污垢松動脫落，從而達到清洗的作用，主要用來去除軟垢和殺生清洗后附著力弱的生物黏泥。
